Des conditions géomorphologiques très précises sont à l'origine de la création au Moyen Âge du village fortifié, considéré aujourd'hui comme l'un des plus beaux sites de France.

Le bourg de Saint-Cirq-Lapopie  surplombe la vallée du Lot

Le sous-sol du quartier de Saint-Cirq, compris entre la colline et le rocher supportant l'église et les ruines du château, est constitué par des sables argileux renfermant une nappe d'eau.
Ce réservoir aquifère était exploité par les anciens habitants de Saint-Cirq par des puits creusés à l'intérieur des caves.

A Saint-Cirq-Lapopie, 3 grandes étapes ont façonné le paysage :

• Il y a plus de 160 MA, la mer jurassique a déposé des sédiments calcaires formant le substratum du paysage, depuis le causse de Saint-Cirq jusqu'au lit du Lot.
• Aux environs de - 50 MA, au Tertiaire, des sables argileux ont comblé complètement une très vaste cavité qui s'étendait du causse de Saint-Cirq peut être jusqu'au niveau du Lot.
• Depuis 5 à 6 MA, de la fin du Tertiaire au Quaternaire, le Lot, en creusant sa vallée, a déblayé ces sables  créant le replat supportant le village et séparant ainsi du causse le piton rocheux du château.

Coupe géologique schématique de la vallée du Lot
 

© Jean, Guy Astruc et Quercy Net, 2003